La Circunscripción Judicial de Alto Paraná cuenta con tres juzgados de ejecución penal. La referida instancia se encarga de las personas sometidas a controles de las resoluciones emanadas de los juzgados penales de garantías, tribunales unipersonales y colegiados de sentencias. Las personas sometidas al proceso deberán de firmar del 1 al 5 de cada mes y otros de manera trimestral.
Los juzgados penales de garantías emiten resoluciones de suspensión condicional de procedimiento (artículos 21 y 22 del Código Procesal Penal) y cuando el justiciable es beneficiado con el instituto jurídico de procedimiento abreviado (artículos 420 y 421 del CPP).
Igualmente, los tribunales de sentencia unipersonales y colegiados emiten sus resoluciones a dicha instancia para la ejecución y control de las penas establecidas. Entre ellos muchas veces se disponen el cumplimiento de servicios sociales y donaciones. Para el efecto también se necesita la figura de un asesor a prueba.
Los juzgados de ejecución penal ejercen los controles, realizando los cálculos de cómputos, ejerciendo dicha labor con la unidad fiscal de ejecución de sentencia, poniendo fin para la absolución o el cumplimiento total de la pena.
De igual manera, dicha instancia judicial determina los cómputos sobre la redención que es el beneficio a la cual se ingresa a través de un programa de resocialización, reeducación o el aprendizaje de una profesión de los privados de su libertad que cuentan con una condena superior a los 4 años.
Para el efecto son utilizados varios informes, de un órgano de apoyo penitenciario, la evaluación sicológica y siquiátrica de los forenses judiciales. El beneficio consiste en lo siguiente: de 4 días de estudios o trabajos se reduce 1 día la condena.
Estos mismos parámetros se llevan en cuenta para la libertad condicional. Además, cuando el justiciable haya compurgado las dos terceras partes de la condena.
El juzgado penal de ejecución, primer turno, está interinado actualmente por la juez Cinthia Garcete, que a su vez es titular del juzgado de garantía número 5 en Ciudad del Este.
El juzgado de ejecución penal, segundo turno, está a cargo del magistrado Aldo Javier Moreira Curtido y en el tercer turno está como titular la juez Fabiola Galeano.